什么是mRNA测序（RNA－seq）？

~ 【答案】： 转录组学（transcriptomics）是在基因组学后新兴的一门学科，即研究特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA（包括mRNA和非编码RNA.的类型与拷贝数。Illumina提供的mRNA测序技术可在整个mRNA领域进行各种相关研究和新的发现。mRNA测序不对引物或探针进行设计，可自由提供关于转录的客观和权威信息。研究人员仅需要一次试验即可快速生成完整的poly-A尾的RNA完整序列信息，并分析基因表达、cSNP、全新的转录、全新异构体、剪接位点、等位基因特异性表达和罕见转录等最全面的转录组信息。简单的样品制备和数据分析软件支持在所有物种中的mRNA测序研究。

如何测量RNA的纯度和含量

答：RNA胶（凝胶成像）检测。例如：原核生物的核糖体所含的rRNA有5S、16S及23S三种。在胶上就有三条明显大小不一的条带。凝胶迁移分析。可以用来研究RNA-蛋白相互作用。基本原理是：结合了蛋白的RNA在凝胶中的迁移速率更慢，因而可以区分出结合蛋白与未结合蛋白的RNA条带。RNA-seq即转录组测序技术，把mRNA...

RNA-seq转录组名词解释基础

答：3. 短读长：short-read： 一种测序技术，产生的读长(read)的长度为500bp，但更常见的是100-300bp，它测的是打断后的mRNA。4. 长读长：long-read， 一种测序技术，能够没到1000bp，它代表的全长或接近全长的mRNA。5. 直接RNA测序： Direct RNA sequencing,dRNA-seq，一种测序技术， 在不用...

测序原理笔记 RNA-seq 和WES--day 5

答：1，RNA-seq 测试原理 测序步骤，先去除保守的rRNA ，→polyA 尾的特性，用磁珠吸附→Mg镁离子溶液打断mRNA→随机引物变成双链合成第一条cDNA（由RNA变成单链DNA）→再合成第二条DNA（双链DNA）→用相应的酶切加上A，加上Y 行接头（adaptor）主要应用：差异表达mRNA，可变剪切，融合基因，SNP，RNA ...

转录组研究技术主要有

答：6、RNA-Seq：通过高通量测序技术，反映RNA的表达水平。7、基因表达系列分析技术：是一种高通量、大规模的基因表达分析技术。8、微阵列技术：用于大规模基因组表达谱研究、快速检测基因差异表达。转录组简介与分类：转录组简介：广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、...

NGS008 测序常用名词

答：RPKM是将map到基因的read数除以map到基因组上的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。 RNA-seq是二代测序技术中用来表示基因表达量或丰度的方法。在衡量基因表达量时,若是单纯以map到的read数来计算基因的表达量,在统计上是不合理的。因为在随机抽样的情况下,序列较长的基因被抽到的机率本来就...

多图详解RNAseq转录组测序分析原理

答：今天下午要去师兄开的公司跟小伙伴们见面交流，提前收集了他们感兴趣的问题（见留言），这次讲讲第三点—RNA测序原理，包括测序原理及平台的选择，通用有参无参转录组分析流程，部分软件的算法原理等等 ppt中使用到的图片均来自公开的官网,结题报告,文献,我只是知识的搬运工，用到的参考资料均打包，有...

初识RNAseq

答：就想这样：第一列是基因名（人类基因组有大概2w基因，因此大概有2w行） 其他列是每个测序样本比对上的数量（6-成百上千不等），这里的6的考虑的是处理对照各3个重复，即Bulk-seq；大样本量的RNA-seq比如Single-cell，每个细胞都是一个样本，因此成百上千 每一行都是原始的统计值，每个基因...

RNA-seq名词解释(5)

答：SSR ：Simple Sequence Repeat，简单重复序列。指的是基因组中由 1-6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段 DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在 200 bp 以下。参考链接： 分子标记_百度百科 (baidu.com)分子标记（包括基因测序） - (jianshu.com)

RNA-seq 分析之我见(一)

答：通过上面的分析，接下来面临的问题就是，我怎么分析某一疾病状态下组织或者细胞所有RNA的表达情况，一个一个分析，肯定不现实，而且可能还有很多未被发现但是很重要的分子。怎么办？只有一个办法，转录组测序，即RNA-Seq, 某一条件下所有转录出来的RNA碱基序列，我都给你测出来是什么。那么这涉及6个步骤...

RNA sequencing: the teenage years

答：RNA-Seq的发展已经历经了10余年,现在几乎已经成为了各种生物学研究的标配。在RNA-Seq的应用中,differential gene expression(DGE,差异基因表达)无疑是最广泛的。相比于以前,DGE的步骤并没有太多的区别:实验部分还是提取RNA、mRNA富集或者核糖体去除,cDNA合成、建库。测序深度一般就是10-30M reads。测序完成之后就是分...