基因组测序中，什么是测序深度和覆盖度~
测序深度是指测序数据对基因组覆盖深度，如人类基因组有3G，我们测了过滤得到clean data 90G数据量，那么测序深度是90/3=30x，覆盖度是，90G数据比对到人类参考基因组上，可以覆盖基因组的比例，如覆盖度80%
简洁版： 深度即：测序得到的总碱基数/基因组碱基数 。也可以理解为将基因组测了几遍。
测序深度能减少假阳性和测序错误率。 覆盖度原来是指基因/转录组上测序测到的部分占整个组的比例，但是现在很多人把coverage也直接当depth用了。
详细版： depth嘛，就是被测基因组上单个碱基被测序的平均次数，比如某样本的测序深度为30X，那么就是说该样本的基因组上每一个单碱基平均被测序（或者说读取）了30次，注意，是平均。当然了，depth也有最大和最小值，这个都可以由信息分析得到。
coverage就好理解了，由于大片段拼接的gap、测序读长有限、重复序列等问题的存在，测序分析后组装得到的基因组序列通常无法完全覆盖所有区域，覆盖度就是最终得到的结果占整个基因组的比例。例如一个人的基因组测序，覆盖度为98.5%，那么说明该基因组还有1.5%的区域通过我们的组装和分析无法得到。
至于什么算法之类的，太深了，应该不用了解吧~~偶也写不出来。。。:P
当然，转录组也同上，
深度（Depth）：一般用1× 、2×、3×……表示。测序的得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，即基因组中每个碱基被测到的平均次数，简而言之，测序的数据量比上参考基因组或者转录组的值。
覆盖度（Coverage）：测序获得的序列占整个基因组的比例。即基因组上至少被检测到一次的区域，占整个基因组的比例。一般是个「百分比」。
如图所示，两个概念在两个“维度”，描述了测序的情况（横向：覆盖度Coverage；纵向：深度Depth）：
二者一定程度上决定了特定碱基位置发现的变异是否具有某种水平的可信度，如果有较高的深度和覆盖度，每个碱基被较多的Reads覆盖，因此碱基也有着较高的可信度。
测序深度（Sequencing Depth）是指：测序得到的碱基总量（bp）与基因组（转录组或测序目标区域大小）的比值，是评价测序量的指标之一。例如：人类全基因组大约3G，测序深度30X的话，即获得3*30=90G的数据量；覆盖度（coverage）是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖所有的区域，这部分未覆盖的区域就称为Gap。
高通量测序中深度和覆盖度是什么意思答：可以简单理解为深度是一条链上一个碱基检测到的次数，覆盖度是你检测到的这个样本的总碱基数的百分比
二代测序中的测序深度如100x代表什么意思答：海普洛斯自主研发的专利试剂，可以精准捕获不同癌症的DNA片断，其专利试剂捕获成功率在99%以上，而且捕获深度具有高度的均一性。旗下医学检验实验室具有国际顶尖基因测序平台以及完善的国际标准质量体系，通过CAP(美国病理学家协会)/EMQN(欧洲分子基因诊断质量联盟)/中国卫生部临检中心等权威认证，业务覆盖肿瘤...
计算测序深度和覆盖度答：深度（depth）与覆盖度（coverage）对长100bp的目标区域进行捕获测序：采用单端测序，每个read长5bp；总共得到了200个reads；把所有的reads比对到目标区域后，100bp的目标区域中有98bp的位置至少有1个read覆盖到，换言之，剩余的2bp没有1个read覆盖。200 x 5 / 100 = 10 我们说这此测序的深度为10X...
全外显子组测序深度的意义是什么?测序深度如何换算?答：测序深度代表了序列被探针组覆盖的次数，次数越高，测序结果的识别就越精确，后续的统计分析也就越准确。如果做肿瘤、低频突变研究，建议测序深度至少应达到150×以上。如果只看经典SNP、非低频突变，测序深度也至少应该在30×以上。测序深度换算方法：一般目标区域的捕获效率在60-70%，安捷伦和罗氏等外显子...
测序深度的深度指的是什么答：测序深度是测序量除以基因组长度,例如测序深度10*就相当于测了10次的全基因组
全基因组重测序的技术路线答：图1-1，以SOLiD为例，说明整个实验方案。双末端（Paired-End）测序原理测序深度（Sequencing Depth）：测序得到的碱基总量（bp）与基因组大小（Genome）的比值，它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系，测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。重测序...
什么是深测序和重测序, 以及降解组测序答：深度测序是指对一个基因组进行多次覆盖测序，例如基因组一共只有a个碱基对，却测了4a个碱基对，相当于每个碱基对平均都被测了四次，这有利于对基因组的拼接，提高测序结果的准确性。重测序是指一个物种的基因组已经被测过一次，现在重新进行测序，重测序以首次测序的结果为参考，通过比对，能够找出同一...
全外显子组测序可做的分析有哪些?答：比对效率，指比对到参考基因组上的数据量占所有clean data的百分比，反映样本测序数据与参考基因组的相似性。测序深度，指比对到参考基因组的碱基总数除以基因组大小；覆盖度，指被测到的基因组碱基总数占基因组长度的百分比；测序深度和覆盖度能够直接反应测序数据的均一性及与参考序列的同源性。与参考基因...
为什么二代测序又叫深度测序答：在二代测序中，为了有效覆盖全基因组，获得的数据量一般是被测基因组的几十倍，然后再拼接。也就是说，理论上，每个位点都要被覆盖几十次甚至上百次，这个次数就叫测序深度 所以，二代测序也成为深度测序
基因检测的测序深度,是越高越好吗?答：基因检测的测序深度：深度与精准度的微妙平衡基因检测中的测序深度，就如同测量一幅地图的精细度，它决定了我们能观察到的细节程度。通常用倍数X来衡量，比如30X覆盖，意味着该基因组区域被细致扫描了30次。理论上，测序深度越高，我们对基因信息的解析就越准确，因为高覆盖可以减少错误和遗漏的可能性。然...
